รายการแฟนพันธุ์แท้ในปี 2006 ใช้รูปแบบเช่นเดียวกันกับรูปแบบของปี 2005 แต่มีการเปลี่ยนแปลงในเกม 3 วินาที จากเดิมในปี 2005 ที่เล่นทั้งหมด 5 รอบ ให้เหลือเพียง 3 รอบ ซึ่งในปี 2006 นี้ รายการแฟนพันธุ์แท้ทั้งหมด 24 เรื่อง เป็นเรื่องใหม่ 23 เรื่อง เรื่องเก่าที่นำมาจัดแข่งขันใหม่ 1 เรื่อง มีสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ทั้งหมด 27 ท่าน จาก 24 เรื่อง ตอบคำถามสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ผิด 1 ท่าน (โดยสามารถกลับมาได้ตำแหน่งสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ในการแข่งขันอีกครั้งหนึ่ง) โดยในการชิงชัยสุดยอดแฟนพันธุ์แท้แห่งปี 2006 ได้มีสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ร่วมเข้าชิงชัยทั้งหมด 26 ท่าน และสุดยอดแฟนพันธุ์แท้แห่งปี 2006 ก็คือ ดนัย สมุทรโคจร สุดยอดแฟนพันธุ์แท้ SUPER HEROES, เอก ฮิมสกุล สุดยอดแฟนพันธุ์แท้ฟุตบอลโลก 2006 และ รักษ์ ศรีเกตุ สุดยอดแฟนพันธุ์แท้พระพุทธรูป